為了探討不同環境微生物暴露對生命早期小鼠腸道菌群定植的影響，東南大學附屬中大醫院謝佳麗， 金雯， 等選取無特殊病原體6~8周BALB/c小鼠24只（雌16只，雄8只），雌雄2︰1合籠，受孕后按子代不同時期（胎兒期、哺乳期、兒童期）的飼養環境分為4組。A組：胎兒期、哺乳期、兒童期均于清潔環境中飼養；B組：胎兒期、哺乳期于清潔環境中飼養，兒童期于普通環境中飼養；C組：胎兒期于清潔環境中飼養，哺乳期、兒童期于普通環境中飼養；D組：胎兒期、哺乳期、兒童期均于普通環境中飼養。采集小鼠生后3周末和5周末糞便樣本，提取樣本細菌總DNA，采用Illumina MiSeq高通量測序儀對細菌的16S rDNA V4區進行測序及生物信息學分析。采用Kruskal-Wallis及Dunn-Bonferroni檢驗進行統計學分析。

結果表明，生后3周末：（1）物種組成分析：①門水平：4組間厚壁菌門、疣微菌門、變形菌門和放線菌門相對豐度比較，差異均有統計學意義（P值均<0.05）；A和B組厚壁菌門相對豐度分別低于C和D組[30.876（23.448~41.218）×10－2、3.317（1.116~4.641）×10－2與71.936（53.587~86.713）×10－2、79.105（56.305~82.736）×10－2]，而疣微菌門、變形菌門相對豐度高于C和D組[疣微菌門：17.249（9.748~35.106）×10－2、58.883（0.017~6.047）×10－2與0.152（0.066~1.890）×10－2、0.003（0.000~0.016）×10－2；變形菌門：12.640（0.336~15.070）×10－2、3.653（3.362~4.596）×10－2與0.219（0.134~0.325）×10－2、0.124（0.116~0.165）×10－2]，差異均有統計學意義（P值均<0.05或0.01）；②屬水平：4組間乳酸桿菌屬、阿克曼菌屬、擬桿菌屬等相對豐度比較差異均有統計學意義（P值均<0.01）；A和B組乳酸桿菌屬相對豐度低于C和D組[19.283（8.618~31.541）×10－2、0.339（0.264~22.278）×10－2與58.414（34.874~71.942）×10－2、66.007（55.141~76.940）×10－2]，而阿克曼菌屬、擬桿菌屬、克雷伯桿菌屬相對豐度高于C和D組[阿克曼菌屬：17.247（9.748~35.106）×10－2、58.883（0.017~60.475）×10－2與0.152（0.066~1.890）×10－2、0.003（0.000~0.017）×10－2；擬桿菌屬：3.978（0.683~25.171）×10－2、8.216（6.023~9.946）×10－2與0.141（0.061~0.281）×10－2、0.568（0.149~1.455）×10－2；克雷伯桿菌屬：0.209（0.050~8.888）×10－2、1.402（0.865~1.692）×10－2與0.003（0.000~0.039）×10－2、0.000（0.000~0.001）×10－2]，差異均有統計學意義（P值均<0.05或<0.01）。（2）α多樣性分析：4組間操作分類單位（operational taxonomic unit，OTU）數量、Chao1指數比較差異有統計學意義（P值均<0.05），Shannon指數差異無統計學意義（P值>0.05）；A和B組OTU數量低于D組[246（221~348）和257（209~280）與387（324~478），P值分別為0.045和0.0082]。2、生后5周末：（1）物種組成分析：①門水平：4組間厚壁菌門、疣微菌門、變形菌門相對豐度比較差異有統計學意義（P值均<0.05或0.01）；A組厚壁菌門相對豐度低于B、C和D組[13.765（64.181~24.238）×10－2與48.912（37.280~59.466）×10－2、86.065（50.149~89.856）×10－2、53.847（31.946~72.936）×10－2]，而疣微菌門相對豐度高于B、C和D組[58.089（22.459~61.285）×10－2與0.001（0.000~0.005）×10－2、0.000（0.000~0.001）×10－2、0.003（0.000~0.006）×10－2]，差異均有統計學意義（P值均<0.05或0.01）；②屬水平：4組間乳酸桿菌屬、阿克曼菌屬相對豐度比較差異均有統計學意義（P值均<0.01）。A組乳酸桿菌屬相對豐度低于B、C和D組[1.755（0.805~8.833）×10－2與26.391（17.550~37.265）×10－2、70.688（45.713~77.953）×10－2、28.675（15.660~57.224）×10－2]，而阿克曼菌屬相對豐度高于B、C和D組[58.089（22.460~61.285）×10－2與0.000（0.000~0.006）×10－2、0.000（0.000~0.001）×10－2、0.003（0.000~0.006）×10－2]，差異均有統計學意義（P值均<0.05或0.01）。（2）α多樣性分析：4組間OTU數量、Chao1指數、Shannon指數比較差異均有統計學意義（P值均<0.05或0.01）；A組OTU數量低于B、C、D組[268（241~410）與438（380~516）、562（533~588）、546（473~599）]，B組OTU數量、Chao1指數、Shannon指數均低于C和D組[OTU數量：438（380~516）與562（533~588）、546（473~599）；Chao1指數：1 033（883~1 181）與1 285（1 220~1 338）、1 328（1 155~1 516）；Shannon指數：3.85（3.25~4.50）與4.28（3.30~5.11）、4.17（3.62~4.38）]，差異有統計學意義（P值均<0.05或0.01）。

不同環境微生物暴露會影響生命早期小鼠腸道菌群的多樣性與結構；環境清潔度越高，腸道菌群多樣性越低，菌群結構組成也有一定差異；哺乳期可能是腸道菌群定植的重要"時間窗"。(生物谷Bioon.com）

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